Hovudstyret til Stord IL består av leiar, nestleiar, fire styremedlem og eit varamedlem. Under hovudstyret finn me administrasjon, eit kontrollutval og ein valkomité, samt dei åtte undergruppene: Friidrett, Handball, Orientering, Skeise, Ski, Symjing, Turn og Volleyball. Undergruppene har eigne styre som rapporterer til hovudstyret og årsmøtet i Hovedlaget.
Stord IL er organisert som eit allianse-idrettslag. Dette inneber at me har eit idrettslag som er i allianse med oss; Stord Fotball, Handball Elite som tidlegare var i allianse med Stord IL, ble slått saman med Handballgruppa igjen etter årsmøtet i 2017. Stord Symjing kom tilbake frå allianse i 2022 og Stord Orientering fulgte etter i 2023.